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        轉錄組測序
        環狀RNA測序

        產品詳情
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        技術簡介

        環狀RNA(circular RNA,circRNA)是新發現的一類新型非編碼RNA分子,其在真核細胞中的大量存在顛覆了傳統的線性RNA觀點,成為近兩年來RNA領域中迅速升起的一顆新星。環狀RNA的表達具有組織和疾病特異性,與組織發育、疾病的發生 發展密切相關。此外,環狀RNA不易降解,能在血漿、唾液等體液中穩定存在,可以作為新型疾病分子標志物。當前,科研人員對這一功能性分子仍知之甚少,可見對其展開全 面深入的研究勢在必行,一場科研的競賽已悄然開始!

        云序生物提供的環狀RNA測序服務,采用Cloudseq CircRNA Enrichment Kit,去除樣本中的線性mRNA和rRNA,保留純化后的環狀RNA,因此測序獲得的環狀RNA有效數據量是其他測序服務供應商遠遠無法企及的,幫助客戶以較低的成本檢測到更多的環狀RNA。此外,Cloudseq CircRNA Enrichment Kit覆蓋幾乎全部已知物種,對環狀RNA的研究將不再局限于人、小鼠、大鼠等常見物種。

        云序優勢

        適用于任何物種:

        可以檢測幾乎任何動植物的環狀RNA。

        適用于降解樣品:

        可以檢測部分降解的樣品的環狀RNA。

        有效數據量高:

        通過商業化kit富集環狀RNA,極大地提高了有效數據比例。

        性價比高:

        能夠以較低的成本檢測更多的環狀RNA。

        一站式服務:

        客戶只需提供細胞、組織、體液或總RNA,云序生物為您完成從樣品準備、文庫制備、上機測序到數據分析的整套服務流程。

        專業化的生物信息學分析:

        云序生物具有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求。

        樣本要求

        樣品類型:

        組織、細胞、體液或總RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。

        樣品量:

        a)細胞:2×106

        b)組織:50 mg

        c)體液:全血、血清、血漿 2-3 ml

        腦脊液:5 ml

        尿液:50 ml

        d)總RNA:2 μg  (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5 無明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾 )

        樣品運輸及保存:

        樣品運輸:樣品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰運輸。

        樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;血液樣品應使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。

        數據分析(下列有※表示個性化分析)

        1、環狀RNA的識別與注釋

        通過環狀RNA高通量測序,采用嚴謹的生物信息分析學流程識別鑒定環狀RNA,并根據他們在基因組上位置和數據庫中來源進行注釋。云序生物整合了來自文獻、數據庫的多個物種的環狀RNAs,構成目前世界上較全的環狀RNA數據庫circDB,對環狀RNA的來源進行了注釋,并展示了環狀RNA與疾病的關系,以節省耗時的文獻查找和閱讀。

        環狀RNA的識別與注釋


        2、差異環狀RNA的篩選

        按照預設的篩選標準(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)篩選出差異表達的環狀RNA。

        注:Fold Change代 表差異倍數,P值代 表差異明顯,篩選中采用的倍數變化會根據具體數據情況進行調整

        差異環狀RNA的篩選

        3、差異環狀RNA的聚類


        差異環狀RNA的聚類


        4、差異環狀RNA的來源基因的GO和信號通路分析

        對差異環狀RNA的來源基因進行功能和信號通路富集分析,以便推斷環狀RNA的功能。

        差異環狀RNA的來源基因的GO和信號通路分析


        5、環狀RNA-miRNA相互作用網絡

        通過環狀RNA-miRNA相互作用網絡分析,可以幫助解析作為miRNA海綿發揮作用的環狀RNA的功能以及作用機制。

        環狀RNA-miRNA相互作用網絡


        6、環狀RNA的可視化

        圖形化展示了環狀RNA在基因組中的分布,以及與之相應的線性RNA的位置關系。

        環狀RNA的可視化


        案例解析

        案例1:環狀RNA具有miRNA海綿功能

        原文:Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency

        期刊:Nature 影響因子:41.58

        本文通過環狀RNA測序在人和線蟲中發現了大量環狀RNA,其中環狀RNA CDR1as在人和小鼠中是保守的;此外,通過生物信息學分析。在CDR1as序列上找到了大量miR-7結合位點,進一步的功能實驗表明:CDR1as通過作為miRNA海綿吸附miR-7,在斑馬魚腦發育中發揮重要的調控作用。

        人類細胞系和線蟲中檢測到的環狀RNA的數目和類別

        圖1.  人類細胞系和線蟲中檢測到的環狀RNA的數目和類別 

        CDR1as在不同物種中具有保守的miR-7結合位點

        圖2. CDR1as在不同物種中具有保守的miR-7結合位點


        案例2:環狀RNA功能具有結合調控蛋白功能

        原文:Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency

        期刊:Nature 影響因子:41.58

        已有證據表明:CircRNA還可以通過結合蛋白分子,影響蛋白的定位和功能來發揮調控作用。CircRNA可以作為支架分子與多種蛋白結合;還可以通過序列互補與靶RNA/DNA結合,進而招募蛋白分子形成多分子復合物。

        DR1as可以與AGO蛋白結合

        圖3. CDR1as可以與AGO蛋白結合


        案例3:人類ai癥環狀RNA表達譜研究

        原文:CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification

        期刊:Genome Biology 影響因子:13.21 

        本文通過環狀RNA測序和嚴謹的生物信息學分析,在15種人類細胞系中鑒定出了近10萬種環狀RNA,其中絕大多數是新發現的。這些環狀RNA的表達呈現出很強的細胞特異性,并在不同類型的ai癥中表現出極大的表達差異。此外,相對于線性RNA,環狀RNA更加穩定。這些現象都表明:環狀RNA具有作為新型腫 瘤標志物的潛力。

        不同類型環狀RNA在不同細胞系中所占的比例

        圖4. 不同類型環狀RNA在不同細胞系中所占的比例

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