<form id="xbqml"><th id="xbqml"></th></form>
<sub id="xbqml"><code id="xbqml"><meter id="xbqml"></meter></code></sub>

<sub id="xbqml"><code id="xbqml"><nobr id="xbqml"></nobr></code></sub>

    <form id="xbqml"></form>
  1. <var id="xbqml"></var>
      1. 歡迎進入上海云序生物科技有限公司官方網站!?? 生物在線????丁香通

        服務熱線 021-64878766

        首頁 > 技術平臺 > m6A RNA甲基化測序

        m6A RNA甲基化測序
        m6A全轉錄組測序

        產品詳情
        在線詢價

        技術簡介

        近年來,科學家們發現了一種可逆的RNA甲基化—m6A,即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上發生甲基化修飾(N6-methyladenosine,m6A)。研究發現,m6A是真核生物mRNA上常見的一種轉錄后修飾,m6A在細胞加速mRNA代謝和翻譯,以及在細胞分化、胚胎發育和壓力應答等過程中起重要作用。種種研究跡象表明m6A 存在于很多物種中,占到了 RNA甲基化修飾的80%。m6A除了分布在 mRNA 中,也出現在很多非編碼 RNA中 ,如:環狀RNA 、LncRNA等。Nature正刊發表文章,證實發生m6A RNA甲基化修飾可以調控mRNA穩定性。而隨后Cell Research也發表文章,證實環狀RNA也會被m6A甲基化修飾,并會促進環狀RNA編碼蛋白這一有趣的結論。

        云序生物(m6A)RNA甲基化測序流程

           云序生物(m6A)RNA甲基化測序流程

        云序生物RNA甲基化測序產品

        云序生物RNA甲基化測序產品

        云序優勢

        一站式服務:

        客戶只需提供細胞、組織或RNA,云序生物為您完成從MeRIP富集,文庫制備,上機測序到數據分析整套服務流程。

        優化的實驗流程:

        MeRIP的富集效率是決定數據質量的關鍵,云序生物MeRIP實驗采用預驗證的商業化抗體和精心優化的實驗流程,具有極高的效率和特異性。

        嚴格的質控:

        云序生物對MeRIP實驗的各個關鍵步驟進行嚴格的質控,全程監控實驗質量,確保客戶得到優zhi的數據。

        專業的生物信息學分析:

        云序生物具有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析需求。

        特異性高:

        通過抗體特異性富集發生甲基化修飾的RNA片段,以較低的成本實現轉錄組范圍的RNA甲基化研究。

        樣本要求:

        樣品類型:

        細胞、組織或RNA,其他樣本類型請電詢。

        樣品量:

        a) 細胞:2×107 

        b) 組織:100 mg-1 g

        c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA無明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7)


        樣品運輸及保存:

        樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。

        樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。

        數據分析(下列有※表示個性化分析)

        1. 識別甲基化富集峰

        通過高通量測序和生物信息分析,識別(p <10-5)甲基化富集的基因組區域。

                      通過高通量測序和生物信息分析,識別(p <10-5)甲基化富集的基因組區域。

        注:每個樣品組做一個Input,以去除基因組背景,降低假陽性率

        2. RNA甲基富集峰注釋

        通過生物信息分析利用鄰近基因對富集峰進行注釋,并根據峰中點相對于已知基因的位置,將富集峰為啟動子峰、上游峰、內含子峰、外顯子峰、基因間峰。

                     RNA甲基富集峰注釋


        3. RNA甲基化富集峰區域的在基因組中的分布

        根據注釋信息,繪制富集峰在不同基因組特征上的比例圖。

                    RNA甲基化富集峰區域的在基因組中的分布        RNA甲基化富集峰區域的在基因組中的分布


        4. RNA甲基化位點Motif分析

        RNA上甲基化的位點,可能包含某種序列motif。RNA甲基化酶可能正是通過識別這些motif特異性進行甲基化修飾,從而完成轉錄后調控功能。我們成功識別了全基因組的RNA上的甲基化位點后,獲取序列就能使用生物信息學的手段來搜索這些motif,從而揭示RNA甲基化修飾的機制。

        RNA甲基化位點Motif分析

        5. 差異RNA甲基化區域的識別與聚類

        云序生物使用 diffReps 軟件進行差異甲基化位點的識別。默認篩選標準為 FDR<=0.05,具體以報告為準。 識別樣本間的差異甲基化區,發現與特定表型或疾病相關的甲基化區域。

        差異RNA甲基化區域的識別與聚類

        6. 差異甲基化區的GO與信號通路分析

        對差異甲基化基因進行功能分類,并發現明顯富集的功能條目。

        差異甲基化區的GO與信號通路分析


        7. Reads 的分布

        使用 ngs.plot 工具可以展示匹配 reads 在 TSS, genebody, TES 等位點的分布情況,可以用來觀察 RNA 甲基化對TSS 等位點是否有偏好。


        Reads 的分布

        案例分析

        案例1:擬南芥花葉根組織m6A RNA甲基化譜

        原文:Transcriptome-wide high-throughput deep m6 A-seq reveals unique differential m6 A methylation patterns between three organs in Arabidopsis thaliana

        期刊:Genome Biology 影響因子:13.21

        西北農林科技大學聯合中科院和普渡大學,借助m6A RNA甲基化測序技術,對比擬南芥花,葉,根組織中(每種組織有兩個生物學重復)m6A RNA甲基化情況。結果發現檢測組織中m6A RNA甲基化修飾程度比人類高10%左右,占轉錄組的83%。


        比較擬南芥花,葉,根組織中m6A RNA甲基化情況

        圖1. 比較擬南芥花,葉,根組織中m6A RNA甲基化情況


        案例2:不同品系擬南芥m6A RNA甲基化譜 

        原文:Unique features of the m6A methylome in Arabidopsis thaliana

        期刊:Nature communications 影響因子:12.12

        芝加哥大學聯合北大,利用m6A RNA甲基化測序對比和品系擬南芥根組織中m6A RNA甲基化譜,發現的分布在兩個品種間高度保守。與人類m6A RNA甲基化位點分布情況相比,擬南芥甲基化位點在起始翻譯區特異性高表達。


          不同品系,同一基因上甲基化

        圖2. 不同品系,同一基因上甲基化 


        案例3:m6A RNA去甲基化酶ALKBH5通過結合lncRNA促進膠質瘤細胞

        原文:m6A Demethylase ALKBH5 Maintains Tumorigenicity of Glioblastoma Stem-like Cells by Sustaining FOXM1 Expression and Cell Proliferation Program 

        期刊:Cancer Cell 影響因子:27.43 

        世界衛生組織將膠質瘤分為四級,其中惡性膠質瘤(GBM)屬于極危險的第四級,手術治 療和化療都難以避免其高復發率。近年來,m6A RNA修飾的研究已成為當今生命科學領域前沿研究之一,不斷有高影響分子文章問世。m6A RNA修飾的催化、去除以及識別的分子機理研究越來越清晰,此時人們更關心m6A RNA修飾與重大疾病之間的相關性。近期Cancer Cell報道了m6A RNA去甲基化酶ALKBH5在神經膠質瘤中具有生理作用。在本研究中,去甲基化酶ALKBH5在惡性膠質瘤干性樣細胞表達上調,而ALKBH5高表達的膠質細胞瘤患者預后生存率更差。通過敲低ALKBH5,meRIP鑒定m6A RNA甲基化修飾模式,基因芯片檢測差異表達>2倍的基因,終篩選到與細胞周期調控相關的FOXM1基因,其在GSCs的自我修復和腫 瘤形成中起到關鍵作用。ALKBH5促使ai基因FOXM1轉錄本去甲基化,增加FOXM1表達。隨后作者發現FOXM1反義長鏈非編碼RNA——FOXM1-AS(LOC100507424),與FOXM1 mRNA外顯子有457個核苷酸互補。結果證實ALKBH5和FOXM1-AS可與FOXM1協同作用,發揮促進惡性膠質瘤腫 瘤形成作用。 

                      ALKBH5和FOXM1-AS可與FOXM1協同作用,促進惡性膠質瘤腫 瘤形成

                     圖3. ALKBH5和FOXM1-AS可與FOXM1協同作用,促進惡性膠質瘤腫 瘤形成

        M6A


        BY2V1AmjLkbyIR7E4fzj+og+oI4b0q944OBNIdkpjVS7OkLYbVqcqw3aiB2ssOjHg2LJEWzL6/YzoeKrid0t+IkvI5wE/3HahdrIlivD2mUfqUOYVwWMh4UESOshqFjCRpXk5zJoU6DOtwyR9Y7iUOxZTX8MBfYmgSmI9UeJGpdurVqQTDahzbEUmNrD7JOFcxc1iuJnc5B4VR6EdRYQ79JQjjaEqGsXN86yYww88LD16jmKMYZIRQ== 日本免费专区在线观看中破初,日本免费最新高清不卡视频,日本嫩模,日本年轻的继坶5中字,影视大全高清免费高清版_波多野结衣电影_在线日本高清日本免费_薰衣草高清视频在线观看